Kegiatan budidaya lele sangkuriang di tingkat pembenih/pembudidaya sering dihadapkan pada permasalahan timbulnya penyakit atau kematian ikan. Pada kegiatan pembenihan, penyakit banyak ditimbulkan oleh adanya serangan organisme pathogen sedangkan pada kegiatan pembesaran, penyakit biasanya terjadi akibat buruknya penanganan kondisi lingkungan.
Kegagalan pada kegiatan pembenihan ikan lele dapat diakibatkan oleh serangan organisme predator (hama) ataupun organisme pathogen (penyakit). Organisme predator yang biasanya menyerang antara lain insekta, ular, atau belut. Serangan lebih banyak terjadi bila pendederan benih dilakukan di kolam tanah dengan menggunakan pupuk kandang. Sedangkan organisme pathogen yang lebih sering menyerang adalah Ichthiopthirius sp, Trichodina sp, Dacttylogyrus sp, dan Aeromonas hydrophyla.
Penanggulangan hama insekta dapat dilakukan dengan pemberian insektisida yang direkomendasikan pada saat pengisian air sebelum benih ditanam. Sedangkan penanggulangan belut dapat dilakukan dengan pembersihan pematang kolam dan pemasangan kolam di sekeliling kolam.
Penanggulangan organisme pathogen dapat dilakukan dengan manajemen lingkungan budidaya yang baik dan pemberian pakan yang teratur dan mencukupi. Bila serangan sudah terjadi,benih harus dipanen untuk diobati. Pengobatan dapat menggunakan obat-obatan yang direkomendasikan.
Manajemen lingkungan dapat dilakukan dengan melakukan persiapan kolam dengan baik. Pada kegiatan budidaya dengan menggunakan kolam dan tanah, persiapan kolam meliputi pengeringan, pembalikan tanah, perapihan pematang, pengapuran, pemupukan, pengairan dan pengkondisian tumbuhnya plankton sebagai sumber pakan. Pada kegiatan budidaya dengan menggunakan bak tembok atau bak plastik, persiapan kolam meliputi pengeringan, disinfeksi (bila diperlukan), pemupukan, pengairan dan pengkondisian tumbuhnya plankton sebagai sumber pakan. Perbaikan kondisi air kolam dapat pula dilakukan dengan penambahan probiotik.