Pada prinsipnya pencegahan dapat ditinjau berbagai pendekatan lingkungan, inang dan pathogen.
Pendekatan lingkungan
Dilakukan dengan menjaga kualitas air supaya tetap mendukung bagi kehidupan ikan, menjaga wadah budidaya tetap bersih dan sehat dan menghindari pengggantian air yang mendadak sehingga tidak menyebabkan ikan menjadi stress. Selain itu penggunaan probiotik/bioremediasi kini sudah banyak dilaksanakan.
Pendekatan inang
Dilakukan dengan cara penanganan ikan yang baik/tidak kasar, sehingga tidak mengakibatkan ikan menjadi luka/lecet dan tidak stress, pengaturan kepadatan ikan yang disesuaikan dengan ukuran ikan dan daya dukung lahan, pemberian pakan yang tepat mutu (mengandung bahan nutrisi yang diperlukan oleh ikan). Pakan yang diberikan harus sesuai dengan ukuran bukaan mulut ikan (tepat ukuran). Selain itu pemberian pakan harus tepat waktu pemberian artinya kapan waktu yang tepat untuk memberi pakan. Misalnya untuk ikan yang sifatnya nocturnal (misalnya ikan Lele) pakan porsi terbanyak sebaiknya diberikan pada waktu sore atau malam hari. Sedangkan bagi ikan yang non-nocturnal maka pakan bisa diberikan pagi, siang dan sedikit pada waktu sore hari. Guna menjaga kesehatan ikan juga dapat dilakukan dengan menimbulkan kekebalan ikan. Kekebalan pada ikan dapat dibedakan menjadi kekebalan yang specific (humoral) dan kekebalan non-specific (selular/cell-mediated immunity). Kekebalan spesifik artinya kekebalan yang dibentuk hanya efektif untuk mencegah terhadap suatu patogen tertentu. Misalnya pemberian vaksin anti Vibrio pada ikan maka kekebalan yang terbentuk hanya mampu untuk mencegah penyakit akibat infeksi bakteri Vibrio sp. Sedang kekebalan yang non-spesific adalah kekebalan yang dibentuk untuk sebagai anti dari berbagai infeksi. Kekebalan seperti ini biasa diproduksi dengan cara pemberian immunomodulator yaitu antara lain Vitamin C, Lypopolysaccharide (LPS), dan ?- glucan.
Pendekatan patogen
Pada prinsipnya kita menjaga supaya virulensi patogen tidak meningkat. Virulensi patogen biasanya berkaitan erat dengan makin memburuknya lingkungan dan juga dengan derajat stres dari inangnya. Jadi supaya patogen tidak meningkat patogenitasnya kita harus menjaga agar kondisi lingkungan tidak semakin buruk dan menjaga agar inang tetap dalam keadaan kondisi yang prima. Kondisi lingkungan yang makin buruk akan memacu perkembangan patogen lebih meningkat.
Pada intinya, mencegah penyakit dapat dilakukan melalui: a). Manajemen Budidaya secara menyeluruh, termasuk di dalamnya penerapan padat tebar yang disesuaikan dengan daya dukung lahan, melaksanakan, b). Manajemen lingkungan dan c). Manajemen pakan. Manajemen lingkungan yang dimaksud adalah menjaga lingkungan perairan supaya selalu berada dalam kondisi yang kondusif bagi kehidupan ikan dan tidak banyak menimbulkan tekanan. Pakan yang diberikan pada ikan harus tepat mutu, tepat jumlah, tepat waktu pemberian dan tepat ukuran.